Durante el año 2019, circularon algunos rumores respecto de la salud del Juez federal y luego se confirmó que padecía una enfermedad terminal y por lo que recibió, durante el último tiempo, cuidados paliativos, conforme confirmaron fuentes judiciales. A fines de enero de este 2020, Bonadio confirmó que extendería sus vacaciones al menos hasta marzo del corriente.
A pesar de su estado delicado, durante el resto de 2019, Bonadio continuó con su tarea habitual como juez de la Nación, tiempo en el avanzó con una serie de procesamientos para la actual expresidenta Cristina Fernández; el ex ministro de Planificación Julio De Vido y otros ex funcionarios, junto a empresarios. Asimismo, el magistrado elevó a juicio oral la parte principal de la causa de los Cuadernos y todos los expedientes derivados.
